重庆卫生学校常年以来的教学理念是培养出具备药学学科的基本理论、基本知识和实验技能，能够在药品生产、检验、流通和使用研究领域的技术型人才。药学专业学生主要学习药学的基本理论和基本知识。
目前，药学系开设有药学、中药学、药品经营与管理、药品生产技术、保健品开发与管理五个专业，形成了药学专业为龙头的药学专业群结构。设有药剂教研室、药品经营与管理教研室、药分教研室、中药教研室、药化教研室、生物制药教研室、药理教研室、保健品开发与管理8个教学单位。几年来完成多项科研课题研究，获得省级及厅级成果奖;有50余人主编或参编国家规划教材;每年有数十篇论文在学术刊物发表; 3名教师入选四川省卫生厅“学术技术带头人后备人选”、1名教师入选省级百千万人才、2名教师入选四川省高职院校专业带头人培养计划，1名教师入选四川省高校杰出科研人才培养计划，1人入选入选四川省高校杰出青年科研人才培育计划。药剂学、药理被评为省级精品课程，药学专业被评为“省级示范专业”和“省级精品专业”， 药学专业教学团队被评为“省级教学团队”。 2016年6月，药学专业获得“首批全国职业院校健康服务类示范专业”。
药学系拥有一座占地1400平方米的五层楼系馆，设有药剂、药分、药化、生物技术、药理、中药鉴定、细胞工程、基因工程、保健品和化学等各类实验(实训)室。近年来，药学系积极推进实践教学体系改革，加强学生职业技能、实践能力的培养，目前已建成并投入使用的有：占地1059平方米的药物制剂实训车间，装备有制备片剂、胶囊剂、注射剂等各种剂型的大型制药机械设备;精密仪器中心，配备有超高效液相色谱仪、气相色谱仪、紫外分光光度计等精密仪器，可用于各种剂型的质量检测;细胞工程实验室有倒置显微镜、CO2培养箱、多功能酶标仪等科研设备;基因工程实验室有实时定量PCR、凝胶电泳仪等科研仪器;中药标本馆，收藏数千种动植物标本，模拟药房、静脉药物配置中心和SPF级屏障系统动物实验室等实训教学场所;另外，占地3000多平方米的药用植物园培育有上百种中草药植物;药学实训基地为中央财政支持实训基地。药学系先进的教学设施与仪器设备能满足药学各专业课程的实验实训教学以及开展科研工作的需要。
“厚德、博学、求实、奋进”是药学系的精神;团结合作、爱岗敬业是药学系的优良传统。为国家培养具有扎实的专业理论知识和较强的专业实践技能，能在各级医疗机构、药品生产企业、药品经营企业等从事药学服务、药品生产、药品调剂、药品质量检测、药品营销及化妆品、保健品质量检测等工作的药学高端技能型专门人才是药学系办学目标。多年来，药学系全体教职员工在教学、科研和学生管理工作努力奋进，开拓进取，追求卓越。
重庆卫生学校药剂专业具有良好的思想、文化、科学素质，有着较强的创新意识和发展潜能，社会上对于这方面的人才还是非常的稀缺，以后这一职业的发展将会非常的有前景。
